Více než deset let od prvního dílu je slovy Jakea Sullyho vysvětlen jeho poklidný život coby náčelníka kmene Omaticaya. Společně s Neytiri počali syny Neteyama a Lo’aka a dceru Tuk a dále si adoptovali Kiri, dívku za záhadných okolností zrozenou z avatara Grace Augustinové, a lidského chlapce Spidera, syna plukovníka Milese Quaritche narozeného na Pandoře, který jakožto dítě nemohl vstoupit do kryospánku a vrátit se na Zemi. Zatímco Jake a ostatní děti jej přijali jako člena rodiny a vychovávají jej jako jednoho z Na’vi, Neytiri jej stále považuje za pouhého člověka. Bohužel, jednoho dne se kosmické lodě RDA vrátí ve snaze kolonizovat Pandoru, jelikož Země umírá. Pod vedením generálky Frances Ardmoreové zde lidé založí novou operační základnu a pokračují v drancování pandorských zdrojů. Jedním z nově příchozích je také avatar plukovníka Quaritche, do nějž byla nahrána kopie jeho mysli pořízená krátce před smrtí. Výsledkem je, že si nepamatuje vlastní smrt, ale moc dobře si vzpomíná na Jakea a touhu jej zabít.